El Fútbol Club Cartagena nació en el verano 1995 con el nombre de Cartagonova Fútbol Club de la mano de Florentino Manzano, su primer presidente y portanto el color blanco en el frontal de y dorsal de la camiseta y negro en los laterales.En la temporada 1995-1996 el club adquiere una plaza en Territorial Preferente y empieza a competir. A final de temporada queda segundo clasificado y logra el ascenso a la Tercera División. Pero en su debut en la máxima categoría regional, se queda a las puertas de un nuevo ascenso a pesar de quedar campeón del grupo XIII.
En la temporada siguiente, repitió la gesta y volvió a ser campeón, logrando esta vez, el ascenso en una liguilla en la que el Cartagonova F.C. logró su objetivo en el partido final ante el Tortosa, goleándolo por 8-0.
En la temporada 1998-1999 debuta en la Segunda división B española con Jesús Aranguren como entrenador. El objetivo era la permanencia pero poco a poco el equipo se encaramaba a las primeras posiciones. Al final quedó segundo y jugó la liguilla de ascenso a Segunda división. El Cartagonova tuvo el ascenso en su mano, le bastaba un empate en un doble enfrentamiento con el Córdoba Club de Fútbol pero perdió los dos encuentros.
En la temporada 1999-2000 el objetivo era ascender de categoría. Tras una primera vuelta prometedora en la que el equipo estuvo varias jornadas en la primera posición, la situación cambió bruscamente y se acabó octavo.
Tras dos temporadas en las que se coqueteó de lejos con el descenso, en la temporada 2002-2003 Luis Oliver Albesa aterriza en Cartagena prometiendo el ascenso inmediato y formando una gran plantilla. La indumentaria cambia, y se vuelve al modelo tradicional cartagenero de camiseta blanquinegra a rayas verticales y pantalón negro. La temporada fue muy movida y
el club se hundió económicamente. Luis Oliver y sus amigos desaparecieron del mapa y dejaron a César Traversone (director deportivo) como única cabeza visible del club. Miguel Rivera Mora se hizo cargo del banquillo, y con él llego la salvación de la categoría en lo deportivo, dejando al equipo en una meritoria 11ª posición.
El Cartagonova F.C. estaba condenado a desaparecer, la deuda era astronómica. En la ciudad apenas se movían políticos y otras entidades, a pesar de que se creó una plataforma de aficionados para la salvación del club. Pero cuando todo se veía muy negro llegó la mano salvadora de Francisco Gómez Hernández, "Paco Gómez".
La temporada 2003-2004 es la primera de Paco Gómez al frente del club. Se juega de nuevo en el grupo III de 2ªB. A su llegada hace cambios significativos, como son el escudo y el nombre del club a Fútbol Club Cartagena. Fue una temporada irregular, y solo al final se pudo salvar la categoría con tres victorias consecutivas que dejaron al equipo en la 15ª posición.
En la temporada 2004-2005 Pep Balaguer inicia la temporada como entrenador, pero pronto sería destituido por los malos resultados. Vicente Carlos Campillo y Juan Francisco Alcoy aumentaron la nómina de entrenadores de esta temporada, pero el equipo seguía un rumbo irregular. En el último tramo de liga llegó Juan Ignacio Martínez, un técnico que hizo un buen trabajo, salvó al equipo del descenso y mereció la renovación. Al final el FC Cartagena quedó en 13ª posición.
Tras los últimos fiascos, la afición no esperaba nada nuevo para la temporada 2005-2006. Juan Ignacio Martínez era el entrenador y Paco Gómez puso a su disposición a una gran plantilla a la que debía conjuntar avalada por el secretario técnico Miguel Torrecilla. El resultado fue magnífico, el FC Cartagena arrasó en el grupo IV de 2ªB y quedó campeón desplegando un fútbol de superior categoría, siendo un auténtico bloque y modelo a seguir de cómo hacer bien la cosas en esta categoría. El FC Cartagena se había ganado el derecho a jugar el play-off de ascenso, y era favorito para lograr el objetivo. Sin embargo, a las primeras de cambio la UD Vecindario eliminó al equipo cartagenero en un partido de vuelta muy desafortunado para los albinegros.
En la temporada 2006-2007 el FC Cartagena intenta seguir la estela del año anterior, el bloque de jugadores es el mismo, y se vuelve a intentar el ascenso de categoría pero sin éxito. La recta final del campeonato dejó al FC Cartagena fuera de los play-off de ascenso.
La temporada 2007-2008 significa el declive del gran proyecto de ascenso gestado tres años antes. Las últimas jornadas del campeonato dejaron sin opciones al FC Cartagena, empatando muchos partidos en casa, y al final se lograría el octavo lugar en la clasificación.
En la temporada 2008-2009, con Fabri en el banquillo, el FC Cartagena finaliza la primera vuelta con 37 puntos, coliderando la clasificación junto con el CD Leganés. Nada más comenzar la segunda vuelta de la liga, y con motivo del mal juego del equipo, el entrenador es relevado en el banquillo por el ex-internacional español y entrenador canario Paco Jémez quien clasifica al equipo para los play-off de ascenso como campeón de grupo.
En la promoción de ascenso el F.C. Cartagena se enfrenta al CD Alcoyano. En el partido de ida, disputado en el Estadio Cartagonova, el Efesé gana 2-1 con goles de Héctor Yuste y de Samuel. El 24 de mayo de 2009, el equipo hace historia: por primera vez desde su creación y, al empatar en Alcoy 2-2 en el partido de vuelta con goles de Mena y de Juan Pablo, asciende a Segunda División.
En la temporada siguiente, repitió la gesta y volvió a ser campeón, logrando esta vez, el ascenso en una liguilla en la que el Cartagonova F.C. logró su objetivo en el partido final ante el Tortosa, goleándolo por 8-0.
En la temporada 1998-1999 debuta en la Segunda división B española con Jesús Aranguren como entrenador. El objetivo era la permanencia pero poco a poco el equipo se encaramaba a las primeras posiciones. Al final quedó segundo y jugó la liguilla de ascenso a Segunda división. El Cartagonova tuvo el ascenso en su mano, le bastaba un empate en un doble enfrentamiento con el Córdoba Club de Fútbol pero perdió los dos encuentros.
En la temporada 1999-2000 el objetivo era ascender de categoría. Tras una primera vuelta prometedora en la que el equipo estuvo varias jornadas en la primera posición, la situación cambió bruscamente y se acabó octavo.
Tras dos temporadas en las que se coqueteó de lejos con el descenso, en la temporada 2002-2003 Luis Oliver Albesa aterriza en Cartagena prometiendo el ascenso inmediato y formando una gran plantilla. La indumentaria cambia, y se vuelve al modelo tradicional cartagenero de camiseta blanquinegra a rayas verticales y pantalón negro. La temporada fue muy movida y
el club se hundió económicamente. Luis Oliver y sus amigos desaparecieron del mapa y dejaron a César Traversone (director deportivo) como única cabeza visible del club. Miguel Rivera Mora se hizo cargo del banquillo, y con él llego la salvación de la categoría en lo deportivo, dejando al equipo en una meritoria 11ª posición.
El Cartagonova F.C. estaba condenado a desaparecer, la deuda era astronómica. En la ciudad apenas se movían políticos y otras entidades, a pesar de que se creó una plataforma de aficionados para la salvación del club. Pero cuando todo se veía muy negro llegó la mano salvadora de Francisco Gómez Hernández, "Paco Gómez".
La temporada 2003-2004 es la primera de Paco Gómez al frente del club. Se juega de nuevo en el grupo III de 2ªB. A su llegada hace cambios significativos, como son el escudo y el nombre del club a Fútbol Club Cartagena. Fue una temporada irregular, y solo al final se pudo salvar la categoría con tres victorias consecutivas que dejaron al equipo en la 15ª posición.
En la temporada 2004-2005 Pep Balaguer inicia la temporada como entrenador, pero pronto sería destituido por los malos resultados. Vicente Carlos Campillo y Juan Francisco Alcoy aumentaron la nómina de entrenadores de esta temporada, pero el equipo seguía un rumbo irregular. En el último tramo de liga llegó Juan Ignacio Martínez, un técnico que hizo un buen trabajo, salvó al equipo del descenso y mereció la renovación. Al final el FC Cartagena quedó en 13ª posición.
Tras los últimos fiascos, la afición no esperaba nada nuevo para la temporada 2005-2006. Juan Ignacio Martínez era el entrenador y Paco Gómez puso a su disposición a una gran plantilla a la que debía conjuntar avalada por el secretario técnico Miguel Torrecilla. El resultado fue magnífico, el FC Cartagena arrasó en el grupo IV de 2ªB y quedó campeón desplegando un fútbol de superior categoría, siendo un auténtico bloque y modelo a seguir de cómo hacer bien la cosas en esta categoría. El FC Cartagena se había ganado el derecho a jugar el play-off de ascenso, y era favorito para lograr el objetivo. Sin embargo, a las primeras de cambio la UD Vecindario eliminó al equipo cartagenero en un partido de vuelta muy desafortunado para los albinegros.
En la temporada 2006-2007 el FC Cartagena intenta seguir la estela del año anterior, el bloque de jugadores es el mismo, y se vuelve a intentar el ascenso de categoría pero sin éxito. La recta final del campeonato dejó al FC Cartagena fuera de los play-off de ascenso.
La temporada 2007-2008 significa el declive del gran proyecto de ascenso gestado tres años antes. Las últimas jornadas del campeonato dejaron sin opciones al FC Cartagena, empatando muchos partidos en casa, y al final se lograría el octavo lugar en la clasificación.
En la temporada 2008-2009, con Fabri en el banquillo, el FC Cartagena finaliza la primera vuelta con 37 puntos, coliderando la clasificación junto con el CD Leganés. Nada más comenzar la segunda vuelta de la liga, y con motivo del mal juego del equipo, el entrenador es relevado en el banquillo por el ex-internacional español y entrenador canario Paco Jémez quien clasifica al equipo para los play-off de ascenso como campeón de grupo.
En la promoción de ascenso el F.C. Cartagena se enfrenta al CD Alcoyano. En el partido de ida, disputado en el Estadio Cartagonova, el Efesé gana 2-1 con goles de Héctor Yuste y de Samuel. El 24 de mayo de 2009, el equipo hace historia: por primera vez desde su creación y, al empatar en Alcoy 2-2 en el partido de vuelta con goles de Mena y de Juan Pablo, asciende a Segunda División.
El 29 de agosto de 2009 el equipo debutó en la Segunda División A del fútbol español, jugando en el Municipal de Montilivi del Girona FC y ganando por 0 a 1. El primer jugador en marcar en la nueva categoría fue Quique de Lucas. Tras 11 jornadas ostentaba el líderato de la Segunda División de España tras no haber perdido ningún partido, empatar 5 y haber ganado otros 6, protagonizando uno de los mejores arranques de la historia de la categoría desde que se disputa la Segunda División de 22 equipos. El 8 de noviembre de 2009 tiene lugar en el Estadio Nueva Condomina el primer partido oficial entre el Real Murcia CF y el F.C Cartagena saldándose con victoria del equipo visitante por 1-4 con más de 8000 cartageneros en las gradas. El Cartagena no conoció la derrota hasta la jornada doce donde cayó derrotado en casa frente al Nastic de Tarragona por 0 a 2. A falta de 10 jornadas para la finalización del campeonato (jornada 32ª) el FC Cartagena se impuso al Real Murcia CF en el Estadio Municipal Cartagonova por 3-2, afianzandose en la segunda posición en solitario de la Segunda División. A falta de 5 jornadas para la finalizacion de la Liga Adelante (Segunda División), el Cartagena se encontraba en posición de ascenso a la Primera División. Tras una victoria por 1-2 en el Estadio Nuevo Arcángel de Córdoba frente al Córdoba CF en la jornada 39, el FC Cartagena se situó a falta de tres jornadas para la finalización de la liga, empatado a puntos con el Real Betis y con el Hércules CF en puestos de ascenso, en la pugna por ascender a Primera División. Con la derrota ante el Recreativo de Huelva por 1-0 en la jornada 41º el FC Cartagena dijo adiós matemáticamente a sus opciones de ascenso a Primera División.